10000 - 3000 př. kr Začíná skutečně přibližně 10 000 př. Kr., jelikož přibližně z této doby jsou známy první archeologické nálezy. Základ obyvatelstva tvořily domácí kmeny severní a východní Afriky a kmeny, které se přistěhovaly z rovníkové a severozápadní Afriky. Kolem Nilu v oázách vznikaly jednotlivé nezávislé osady. Tyto se postupně sjednocovaly, částečně proto, aby byly silnější v obraně proti nepřátelům, nebo byly silou připojovány k větším celkům. Původní motivace tedy byla mocenská, později převládala ekonomická, tj. potřeba využití nilských záplav a budování záplavových systémů, které nebyly malé celky schopny řešit. Postupně se vytvořilo několik desítek malých států, jejichž odrazem je i dnešní rozdělení Egypta na kraje. Tento sjednocovací proces pokračoval, takže v 4. tisíciletí př. Kr. se na území dnešního Egypta vytvořily dva státy - Horní a Dolní Egypt. Hranice vedla asi 30 km jižně od Káhiry.
Tento vývojový proces urychloval rozpad rodové společnosti a její přeměnu ve společnost třídní. Zvláštností vývoje egyptské společnosti byly silně přežívající znaky občin, dané neměnnými základními podmínkami egyptského zemědělství. Udržely se i po tak zásadní změně, jako byl vznik státu. Občiny zůstaly společnými majiteli zemědělské půdy, přestože se za oficiálního vlastníka považovala státní moc. Panovník udržoval na uzdě podmaněné obyvatelstvo, ale zároveň zabezpečoval řízení zavodňovacích a ostatních zemědělských prací. Spojení politické a ekonomické moci umožnilo, aby se panovníci z vojenských náčelníků, jimiž byli za rodového zřízení, povýšili na absolutní vládce, kteří si nakonec vymohli božskou úctu a povýšili se na bohy. V Egyptě tak došlo k vytvoření otrokářského zřízení a despotického státu.
Vládci Dolního Egypta sídlili v Onu, čili Jonévu na území dnešní Káhiry. Vládcové Horního Egypta sídlili 500 km jižně od Káhiry ve městě Cinevu, jehož zbytky nejsou dodnes přesně určeny. Zato známe, díky pohřebnímu kultu starých Egypťanů, pohřebiště sídelního města Ebozev, známější jako Abydos. Z archeologických nálezů vyplynulo, že technika pohřbívání v obou státech byla rozdílná. Dolnoegyptští obyvatelé pohřbívali své mrtvé původně ve svých domovech, v pozdějším období jim stavěli na okrajích vesnic na vyvýšených místech ležících mimo dosah nilských záplav, domy mrtvých. V Horním Egyptě se zachovala tradice pohřbívání ve stylu kočovných kmenů. Zpočátku to byla jáma přikrytá hromadou písku, obložená kameny. V pozdějších dobách byl hrob přikrýván mohylou z cihel. Na sklonku předhistorického období se prvky obou způsobů pohřbívání spojily v mastábu. Nejstarší mastáby se stavěly z nepálených cihel, jako masivní bloky se šikmými zdmi, později se stavěly z kamene. Všechny mastáby mají tři základní části: pohřební komoru, skladiště pohřební výbavy a kapli. Kromě toho měly mastáby šachtu k dopravě rakve do přízemí, uzavírací a bezpečnostní zařízení a zpravidla kolem mastáby ohradní zeď. Pohřební komora byla v hloubce od dvou do dvaceti metrů. V ní byl umístěn kamenný sarkofág, většinou ze žuly nebo vápence, do kterého se vkládala dřevěná rakev s mrtvým. Skladiště bylo rovněž v podzemí a sloužilo pro uložení potřeb nezbytných pro posmrtný život. Tyto dvě části byly po pohřbu uzavřeny a šachta zasypána. Kaple byla vždy na východní straně v nadzemní části stavby, nebyla uzavřena a sloužila k přinášení obětí a modlitbám za mrtvého. Mastáb i obyčejných hrobů z tohoto období je známo několik stovek.
O vládcích a událostech v tomto období nevíme však vůbec nic přesného. Předpokládá se, že koncem 4. tisíciletí př. Kr. docházelo k pokusům o sjednocení obou zemí, převážně ze strany Dolního Egypta. Tyto domněnky však nelze doložit.